در سال 1991 جنگ قدرت بین رئیس جمهور لیبرال روسیه (بوریس یلتسین) و رهبر شوروی (میخائیل گورباچف) شدت گرفته بود، هواداران گورباچف که خواهان حفظ کشور شوروی بودند، بر ضد دولت روسیه که خواهان جدایی روسیه از شوروی بودند، کودتایی انجام دادند. در این زمان به جز بوریس یلتسین و عسکر آقایف رئیس جمهور جمهوری قرقیزستان، باقی روئسای جمهوری هوادار کودتا و گورباچف بودند. نهایتا کودتا شکست خورد و نیروهای هوادار یلتسین کنترل مسکو را به دست گرفته و گورباچف را مجبور به استعفا کردند. و بدین ترتیب طی توافقی تعداد زیادی از جمهوری های داخلی شوروی تجزیه شدند.
در سال 1993 قانون اساسی قرقیزستان اصلاح شد. در این سال پارلمان این کشور تاسیس شد و بسیاری از قوانین به نفع ناسیونالیستهای قرقیز و به ضرر اقلیتها تصویب شد که همین روند مهاجرت از این کشور را تسریع کرد.
در سال 1995 آقایف رفراندومی برپا کرد که در طی آن سیستم قانون گذاری این کشور بایکمرال (دو مجلسه) گردید. در آخرین ماه این سال آقایف برای دومین بار به پیروزی در انتخابات ریاست جمهوری رسید و در سال 1996 با رای مردم قانون اساسی را به شکلی اصلاح کرد که قدرت تماما در اختیار ریاست جمهوری باشد. بدین شکل قرقیزستان که در نیمه اول دهه 90 الگوی دموکراسی در آسیای میانه بود، از سال 96 به بعد به دیکتاتوری تبدیل شد. آقایف در سال 2000 برای برای سوم به ریاست جمهوری رسید.
در سال 2005 در اثر تقلب آشکاری که ستاد انتخابات انجام داده و آقایف را برای چهارمین دوره به ریاست جمهوری رساند، مردم خشمگین این کشور به مراکز دولتی حمله کرده و پس از درگیری کوتاه، دیوان عالی کشور انتخابات را باطل اعلام کرده و رای به برگزاری دوباره انتخابات داد که به شکست رهبر کشور پس از 15 سال انجامید. روندی که در یوگسلاوی، گرجستان و اوکراین هم افتاد و پس از 10 الی 15 سال، رهبران این کشورها مجبور به ترک صندلی های خود شدند.
هرچند تاجیکستان، ازبکستان، قزاقستان و آذربایجان هنوز هم تحت سیطره دیکتاتورها هستند.