آیت الله طالقانی در اوایل مرداد 1358، از سوی امام خمینی مأمور تشکیل نماز جمعه تهران شد و اوّلین و باشکوه ترین نماز جمعه بعد از پیروزی انقلاب در پنجم مرداد به امامت ایشان در دانشگاه تهران برگزار گردید. وی موفق به برگزاری پنج نماز جمعه شد که آخرین نماز جمعه به مناسبت فرارسیدن سالگرد جمعه ی خونین 17 شهریور در بهشت زهرا برگزار شد. آیت الله طالقانی در خطبه های این نماز جمعه، حمله شدید اللحنی به منافقین نمود و با بیانات محکم و روشن، منافقین را رسوا و بیزاری خود را از آنان اعلام کرد: « هر چه ما مسلمان ها بعد از اسلام ضربه خوردیم به دست منافقین بوده است، نه به دست کفار، کفار چهره ی شناخته شده ای دارند، صفشان جداست، ولی منافق یعنی انسان چند چهره... ما دچار چنین منافقین شرور و حیله گر و فریبکاری هستیم که گاه به چهره ی اسلام در می آیند، به چهره ی ایرانی، اصلاً هم بسیار اظهار دلسوزی می کنند برای مردم، ولی وابسته به جاهای دیگر هستند. مؤتلف با جاهای دیگر هستند، چهره چهره ی ایرانی، ولی روح و درون و نفسش، نفس، اندیشه، فکر خلق، امپریالیست، صهیونیست و دیگر قدرت هاست، یعنی کوبیدن مسلمان ها...» آیت الله طالقانی در مراسم عید فطر آن سال طی خطبه های پرشوری موضع خود را نسبت به گروه های منحرف، چپ ها و راست ها اعلام نمود و تمام گرفتاری های مسلمانان را از طرف این گروه ها دانست: « کسی که رو به روی انقلاب بایستد باید هلاک بشود، باید نابود بشود، انقلاب، انقلاب محرومین است، انقلاب، انقلاب توده مسلمان است. انقلاب، انقلاب قرآن است، انقلاب، انقلاب توحید است. هر کسی از این مسیر منحرف شود باید پایمال بشود...» منبع: سایت تبیان